口袋妖怪火红的道馆需按深灰市、华蓝市、枯叶市、彩虹市、浅红市、金黄市、红莲岛、常青市的顺序依次挑战，每座道馆都有专属路线与机关，按正确路径推进才能顺利挑战馆主获取徽章。
深灰市岩石系道馆位于城市中央，入口无复杂机关，进入后沿主通道直行，击败沿途训练师即可抵达馆主小刚面前，道馆空间开阔，无分支路线，适合新手熟悉道馆机制。华蓝市水之道馆在城市西侧，内部为水池与步道组合，需沿右侧步道绕场一周，避开左侧水池区域，中途击败两位水系训练师后，就能到达馆主小霞的对战位置，路线单一不易迷路。枯叶市电系道馆核心是垃圾桶机关，进入后先调查所有垃圾桶，找到第一个隐藏开关后，第二个开关必在其相邻的上下左右垃圾桶中荣耀足球（星耀），，成功触发两个开关后，阻挡馆主的电网会消失，此时可直接进入内部对战马志士，若触发错误机关会重置，建议逐个调查避免失误。
彩虹市草系道馆布满植物与小树，进入后先击败入口训练师，再用居合斩技能砍断右侧可交互小树，开辟新路径，沿此路径穿过中央草地，避开左侧封闭区域，就能抵达馆主莉佳的场地，道馆内有隐藏道具思仙（梦幻归来重生版），可顺路收集。浅红市毒系道馆是迷宫结构，内部有透明墙壁与可穿越的毒雾区域，正确路线是进入后先向右走，再向下直行，穿过两处毒雾区，避开左侧死胡同，中途仅需击败两位训练师，即可到达馆主阿桔的位置，毒雾会让宝可梦中毒，记得携带解毒药。金黄市超能力道馆全是传送机关，最短路径是进入后踩第一个传送点到A区，再依次踩B、H、M区传送点，可直接抵达馆主娜姿面前，其他传送点会循环或返回起点，无需挑战多余训练师。
红莲岛火系道馆需先完成宝可梦大宅剧情获取钥匙才能进入，道馆内有问答机关，每道题对应一条路线，正确回答问题后会开启通往馆主的路径，答错则进入训练师对战区域，问题多与宝可梦属性相关，提前了解属性克制可快速通关。常青市地面系道馆是最终挑战，需集齐前七枚徽章才能进入，内部为传送迷宫，正确路线是进入后向左走，避开第一个传送点，沿主路直行，中途仅需击败两位训练师，就能直达馆主坂木处，传送点会误导路线，紧盯主路即可避免绕路。挑战道馆时，除了走对路线，还要准备克制属性的宝可梦，岩石系用水系、草系，电系用地面系，超能力系用恶系、幽灵系，搭配充足回复道具，才能稳定战胜馆主，顺利收集全部徽章。