口袋妖怪火红打完二周目后，核心目标是完成全国图鉴、捕捉全部传说宝可梦、挑战强化四天王与训练师之塔，同时解锁七之岛剩余剧情与隐藏区域，实现游戏100%通关。
二周目通关后，先找大木博士将图鉴升级为全国图鉴，这是解锁后续内容的关键。随后可从枯叶市坐船前往一之岛，开启七之岛后续剧情，核心是收集红宝石与蓝宝石，完成网络机器任务，解锁彩虹通行证，自由往返七之岛各区域。在四之岛冰洞可获得攀瀑技能，击败火箭队残党能获取关键密码，推进剧情同时解锁更多可捕捉的宝可梦。七之岛的阿斯卡纳遗迹可捕捉未知图腾，训练师之塔则有高强度训练家等待挑战，适合打磨对战阵容。
传说宝可梦捕捉是二周目后核心玩法之一。华蓝市北侧洞窟（超梦洞）解锁后，深处可捕捉70级超梦，洞内高等级野生宝可梦也适合练级。三神鸟需提前捕捉：急冻鸟在双子岛深处，闪电鸟在无人发电厂，火焰鸟在灯火山山顶，捕捉时建议携带催眠与冰冻技能的宝可梦，搭配高级球提升成功率。完成七之岛剧情后，还可通过特殊途径捕捉凤王、洛奇亚与代欧奇希斯，补齐传说宝可梦阵容。
挑战强化四天王与冠军是检验阵容强度的关键。二周目后四天王阵容全面强化，等级显著提升，配招更具针对性：冰天王科拿携带白海狮、乘龙等，格斗天王希巴拥有大钢蛇、怪力，毒天王菊子的耿鬼搭配影子球，龙天王渡的快龙与化石翼龙极具压制力，冠军小茂阵容也同步升级。挑战前需确保队伍等级达标，准备足量恢复道具，利用属性相克搭配阵容，例如用格斗系克制冰系、龙系克制龙系，通关后可再次进入荣誉殿堂，完成高阶挑战。
完成全图鉴与阵容培养是长期目标。全国图鉴解锁后，需捕捉关都与丰缘地区全部宝可梦，七之岛新增大量可捕捉的外来宝可梦，例如大钢蛇、赫拉克罗斯、巨甲兽等，部分需通过进化或特定条件获取。同时可培育对战向宝可梦，优化个体值与努力值，搭配最优配招范特西足球经理2。，例如让超梦学习精神强念、影子球，快龙搭配龙舞、地震，打造顶级对战队伍。可利用战斗探测器反复对战高等级训练家练级，或在野生宝可梦密集区域刷努力值，进一步提升队伍实力。