失落的方舟混沌之门分布在多个大陆的指定野外区域，包括安ikka的藤丘、阿尔泰因的风语丘陵战神新世纪：刀刀送钻，、北Vern的巴兰卡山脉、舒希尔的冰翼高地、罗亨德尔的埃兹温阴影、约恩的未完成花园、费顿的哀嚎沼泽、帕普尼卡的星沙海滩、南Vern的坎丹利亚领地、沃尔迪斯的大雨林等。
混沌之门作为限时团队活动，仅在周一、周四、周六、周日开放，每小时刷新一次，每次持续约10分钟。活动开启前10分钟，系统会在地图上标注混沌之门的具置，玩家可通过Procyon指南针的活动通知按钮查看即将刷新的混沌之门信息，点击旁边的指南针图标可直接定位到对应区域。混沌之门的难度与玩家装备等级挂钩，不同位置的混沌之门对应不同装备等级要求，玩家需根据自身实力选择合适的混沌之门参与。
参与混沌之门活动需组建4-16人队伍，也可匹配其他玩家组队进入。进入混沌之门后，玩家将面对连续刷新的怪物波次和3个阶段的BOSS战，每个阶段限时10分钟，需在规定时间内击败BOSS才能进入下一阶段。战斗过程中玩家属性无额外修正，完全依靠自身装备和操作，击败小怪可获取裂纹碎片，击杀BOSS有概率掉落藏宝图、卡牌包等稀有奖励。
混沌之门掉落的藏宝图分为蓝色、紫色、金色、橙色四个品质，其中橙色为单人藏宝图，奖励丰厚但掉率极低，其余品质藏宝图需组队开启，且队伍成员需持有同品质藏宝图才能获得4倍奖励。玩家获取藏宝图后，可在活动区域寻找持有相同品质藏宝图的玩家组队，组队后可通过换线功能集中到同一频道，共同开启藏宝图获取奖励。混沌之门奖励以账号为单位，每日仅可获取一次，多次参与无法重复领取奖励。