星露谷物语神秘矿石主要出现在矿井100层及以下、骷髅洞穴、采石场与火山地牢这四个区域，是获取铱矿石、黄金矿石与五彩碎片的核心来源。
矿井100层及以下是神秘矿石的基础刷新点，这里属于岩浆地层，神秘矿石外观与周围岩石相近，需仔細辨認，越往深層刷新概率越高，開采時可搭配炸彈快速清理岩石，提升尋找效率，同時該區域怪物強度較高，需准備充足的恢複道具與強力武器。
骷髅洞穴是神秘礦石的高概率刷新區域，位于沙漠西北部，需先獲取骷髅鑰匙解鎖，洞穴內無層數上限，神秘礦石刷新概率隨深度增加而提升，可通過大量制作樓梯快速下探，搭配幸運食物提升當日運氣，能顯著提高找到神秘礦石的幾率，洞穴內銥蝠、銥蟹等怪物也有概率掉落銥礦石，可同步收集。
采石場是神秘礦石的穩定刷新點，位于礦井後方，解鎖後會定期刷新各類礦石少年三国志如何卡兩將遊戏攻，，神秘矿石刷新概率虽低但固定存在，适合日常顺路采集，无需深入危险区域，同时采石场还会刷新其他稀有矿石，可一并收集，提升资源获取效率。
火山地牢位于姜岛，是后期神秘矿石的重要刷新区域，地牢内地形复杂，神秘矿石随机分布在各处岩石中，刷新概率较低但产出稳定，探索时需注意躲避岩浆与强力怪物，搭配防火装备与恢复道具，开采神秘矿石可获得150点采矿经验，还能稳定获取黄金矿石、铱矿石，并有25%概率掉落五彩碎片，是打造银河剑、升级装备的关键资源。